เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2563 สถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงจาการ์ตาได้จัดเที่ยวบินพิเศษ (chartered flight) พาคนไทยในอินโดนีเซีย 149 คน ซึ่งประกอบด้วยผู้มีปัญหาสุขภาพ เด็กและเยาวชน นักท่องเที่ยวตกค้าง นักเรียน/นักศึกษา พระสงฆ์ และคนตกงาน เดินทางกลับไทยด้วยสายการบิน Thai Lion Air เที่ยวบินที่ SL 117 เส้นทางจาการ์ตา-กรุงเทพฯ โดยออกจากกรุงจาการ์ตาเวลา 13.30 น. (เวลาท้องถิ่น) และมีกำหนดถึงท่าอากาศยานดอนเมือง เวลา 17.15 น. (เวลาประเทศไทย) โดยได้จัดน้ำดื่ม หน้ากากอนามัย เจลแอลกอฮอล์ล้างมือ และอาหารกล่องให้กับผู้เดินทาง
สถานเอกอัครราชทูตฯ ได้ดำเนินการประสานงานทั้งหมดแบบครบวงจร ไม่ว่าจะเป็นการส่งผู้เดินทางไปตรวจเชื้อ การเช่ารถ จัดหาที่พัก และการเตรียมระบบคัดกรองเอกสาร อันทำให้การเดินทางกลับเป็นไปอย่างราบรื่น
สถานเอกอัครราชทูตฯ มีกำหนดจัดเที่ยวบินพิเศษพาคนไทยกลับไทยในวันที่ 11 มิถุนายน และอยู่ระหว่างการขออนุมัติเที่ยวบินเพิ่มเติม โดยที่ขณะนี้ การเดินทางจากเกาะอื่นๆ ไปจาการ์ตาโดยเครื่องบินยังมีความไม่สะดวก เนื่องจากสายการบินมีข้อกำหนดเกี่ยวกับเอกสารที่ยุ่งยากและไม่ชัดเจน และหลายสายการบินได้หยุดบริการ เมื่อสถานการณ์คลี่คลายและชัดเจนขึ้น สถานเอกอัครราชทูตฯ จะสามารถดำเนินการอย่างเต็มที่ในการพาคนไทยทุกคนในอินโดนีเซียที่ลงทะเบียนแล้วเดินทางกลับประเทศไทยได้
สถานเอกอัครราชทูตฯ ขอขอบคุณกรมการกงสุล กระทรวงการต่างประเทศ กระทรวงการต่างประเทศอินโดนีเซีย โรงพยาบาล Ciputra CitraRaya Tangerang โรงพยาบาล Siloam (Semarang, Yogyakarta) สายการบิน Thai Lion Air ที่ทำให้คนไทยในอินโดนีเซียสามารถเดินทางกลับได้โดยสวัสดิภาพ
